2015年初,精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)正式進(jìn)入大眾的視野,美國(guó)總統(tǒng)奧巴馬在國(guó)情咨文中提出“精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)”計(jì)劃。自此,精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)在全球掀起一股浪潮,個(gè)性化醫(yī)學(xué)的大幕也正式拉開(kāi)。
所謂精準(zhǔn)醫(yī)學(xué),是以個(gè)體化醫(yī)療為基礎(chǔ)、隨著基因組測(cè)序技術(shù)快速進(jìn)步以及生物信息與大數(shù)據(jù)科學(xué)的交叉應(yīng)用而發(fā)展起來(lái)的新型醫(yī)學(xué)概念與醫(yī)療模式。無(wú)疑,精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)跟數(shù)字化技術(shù)、數(shù)據(jù)有著緊密聯(lián)系,實(shí)乃醫(yī)學(xué)進(jìn)入到數(shù)字化時(shí)代的發(fā)展必然階段。
隨著數(shù)據(jù)收集手段、數(shù)據(jù)存儲(chǔ)技術(shù)的不斷進(jìn)步,精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)這扇大門正在加速打開(kāi),惠澤更多群眾。那么,中國(guó)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)發(fā)展?fàn)顩r如何?精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的數(shù)字化何特點(diǎn)?如何解決精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)中遇到的典型數(shù)據(jù)存儲(chǔ)挑戰(zhàn)?近日,中山大學(xué)附屬第六醫(yī)院副研究員、計(jì)算腫瘤學(xué)博士高峰帶來(lái)了他的深度思考。
為什么要數(shù)字化
精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)為何愈發(fā)受到關(guān)注?
舉個(gè)例子,A和B同時(shí)患有某腫瘤疾病,同樣的藥物對(duì)于A有效,但對(duì)于B卻沒(méi)有效果,反而會(huì)影響到B的病情;C和D患有不同腫瘤疾病,卻通過(guò)同樣的藥物讓病情得到極大緩解……腫瘤等疾病成因復(fù)雜,個(gè)體遺傳因素、所處環(huán)境和生活方式的不同,使得腫瘤疾病的醫(yī)治亟需個(gè)性化治療。
“現(xiàn)行臨床數(shù)據(jù)庫(kù)不能很好的記錄分子特征,像生物樣本庫(kù)的存儲(chǔ)和組織等,例如血液、糞便等都面臨著流通性、可訪問(wèn)性、可復(fù)用性等問(wèn)題?!备叻宀┦吭贗DTC2021浪潮存儲(chǔ)數(shù)據(jù)科技峰會(huì)廣州站上如是說(shuō)。如何有針對(duì)性的治療,實(shí)現(xiàn)醫(yī)療方案的“量體裁衣”?無(wú)疑,建立在數(shù)字化基礎(chǔ)之上的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)就是那把關(guān)鍵“鑰匙”。
“通過(guò)真實(shí)世界樣本剖析腫瘤的分子異質(zhì)性是實(shí)現(xiàn)個(gè)體化治療的必要手段,只有數(shù)字化才能成為真正的資源。”高峰博士表示道。中山大學(xué)附屬第六醫(yī)院在精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)走在業(yè)界的前沿,為推動(dòng)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的進(jìn)一步發(fā)展,中山六院構(gòu)建起數(shù)字化生命資源庫(kù),推動(dòng)大數(shù)據(jù)、人工智能技術(shù)在精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用,幫助腫瘤患者獲得個(gè)性化治療方案。
高峰博士以一個(gè)真實(shí)案例說(shuō)明精準(zhǔn)醫(yī)療數(shù)字化的重要性,“有一名年輕患者,他的直腸癌腫瘤位置非常接近肛門,如果按照過(guò)去常規(guī)做法,需切除肛門,這無(wú)疑會(huì)嚴(yán)重影響該患者今后的生活質(zhì)量。”為此,中山六院利用“直腸癌新輔助治療療效深度學(xué)習(xí)預(yù)測(cè)人工智能(AI)模型”用于評(píng)估患者療效,有針對(duì)性的強(qiáng)化術(shù)前新輔助治療,術(shù)后病理如同術(shù)前預(yù)測(cè),病人腫瘤療效評(píng)估0級(jí),達(dá)到了pCR(顯微鏡下未見(jiàn)腫瘤細(xì)胞殘留),意味著術(shù)前的強(qiáng)化新輔助治療效果顯著。
無(wú)疑,精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)即意味著整個(gè)治療過(guò)程中高度依賴數(shù)據(jù)。當(dāng)前,一個(gè)人全基因數(shù)據(jù)就高達(dá)400GB,加上病理數(shù)字化,帶來(lái)龐大規(guī)模的影像大數(shù)據(jù)。高峰博士表示,他們研究項(xiàng)目目前物理存儲(chǔ)的實(shí)裝數(shù)據(jù)就已經(jīng)超過(guò)2.5PB。如此大規(guī)模且增長(zhǎng)迅速的數(shù)據(jù),著實(shí)帶來(lái)了一系列的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)挑戰(zhàn)。
精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)背后的大數(shù)據(jù)存儲(chǔ)挑戰(zhàn)
當(dāng)前,眾多領(lǐng)域都因數(shù)據(jù)而改變。
正所謂有“數(shù)”有“據(jù)”方能運(yùn)籌帷幄,即便是想法再高明、算法模型再先進(jìn),缺乏數(shù)據(jù)的支持,再好的研究想法依然很難得到驗(yàn)證。而數(shù)據(jù)愈發(fā)豐富,研究人員就能基于海量數(shù)據(jù)間的相關(guān)性驗(yàn)證更多研究想法和理論,獲得更多新知識(shí)和新發(fā)現(xiàn)。
具體到精準(zhǔn)醫(yī)學(xué),當(dāng)前各大精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)機(jī)構(gòu)普遍都在建立自動(dòng)化生物樣本庫(kù),數(shù)據(jù)量始終保持著極高的增長(zhǎng)速度。以中山六院為例,基于浪潮分布式存儲(chǔ)平臺(tái)建立起數(shù)字化生命資源庫(kù),整合來(lái)自高通量檢測(cè)手段的多組學(xué)數(shù)據(jù)和醫(yī)療信息系統(tǒng)中的結(jié)構(gòu)化病歷、數(shù)字病理、醫(yī)學(xué)影像,初步實(shí)現(xiàn)臨床資源數(shù)字化。
中山大學(xué)附屬第六醫(yī)院副研究員、計(jì)算腫瘤學(xué)博士高峰
目前,中山六院已經(jīng)建成了全球最大單中心、完整配對(duì)、高質(zhì)量隨訪的基因多組學(xué)腸癌隊(duì)列?!熬珳?zhǔn)醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)相對(duì)較為單一,而且使用人群也較少,但并不意味著數(shù)據(jù)存儲(chǔ)挑戰(zhàn)就很少?!备叻迦缡钦f(shuō)。在高峰看來(lái),當(dāng)前中山六院的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究工作主要面臨著三個(gè)重要的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)趨勢(shì):
其一、快數(shù)據(jù)和海量數(shù)據(jù)并存,但不同場(chǎng)景、不同類型數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)處理需求差異大。例如,快數(shù)據(jù)的量達(dá)到了上百TB,這些數(shù)據(jù)往往跟AI模型緊密相關(guān),對(duì)于性能、吞吐要求極高;而海量數(shù)據(jù)則往往達(dá)到PB級(jí)規(guī)模,對(duì)于安全性、連續(xù)讀寫(xiě)性能要求更高。
其二、未來(lái)需要建立起數(shù)據(jù)基礎(chǔ)設(shè)施,用戶不用過(guò)多關(guān)注數(shù)據(jù)底層的操作、管理和運(yùn)維等,數(shù)據(jù)基礎(chǔ)設(shè)施可以靈活匹配上層應(yīng)用的存儲(chǔ)需求,讓醫(yī)療專家將精力聚焦在專業(yè)的精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究任務(wù)之中。
其三、中山六院致力于構(gòu)建腸癌數(shù)字化生命資源庫(kù)的建設(shè),形成中國(guó)人群的腸癌數(shù)字圖譜,把臨床業(yè)務(wù)數(shù)字轉(zhuǎn)化成可復(fù)用的資源,支撐起整個(gè)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的長(zhǎng)期研究,這意味著數(shù)據(jù)今后會(huì)越豐富、維度越全面、使用人群會(huì)更多?!澳[瘤疾病成因復(fù)雜,有遺傳、環(huán)境等多種因素,不光涉及醫(yī)學(xué)采集到的數(shù)據(jù),還包括各種環(huán)境數(shù)據(jù)。目前,應(yīng)用跑的比技術(shù)、數(shù)據(jù)更快,我們希望會(huì)有越來(lái)越多的數(shù)據(jù)來(lái)支撐醫(yī)學(xué)研究。”高峰坦言道。
浪潮存儲(chǔ)產(chǎn)品線總經(jīng)理李輝也表示,當(dāng)前多學(xué)科、交叉研究的現(xiàn)象在醫(yī)療領(lǐng)域中很常見(jiàn),并且絕大部分醫(yī)療機(jī)構(gòu)都異常重視數(shù)據(jù)的采集與存儲(chǔ),精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的數(shù)據(jù)也非常符合新數(shù)據(jù)的各種特征,對(duì)于存儲(chǔ)功能層面一直會(huì)產(chǎn)生新需求和新挑戰(zhàn),需要新存儲(chǔ)來(lái)有效實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)存好、管好和用好。
未來(lái):場(chǎng)景共同體讓精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)有“數(shù)”有“據(jù)”
就像高峰博士所言,應(yīng)用場(chǎng)景需求變化走的比技術(shù)更快。以新數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)為主導(dǎo)的新應(yīng)用往往基于大數(shù)據(jù)和AI復(fù)雜運(yùn)算,進(jìn)一步讓數(shù)據(jù)基礎(chǔ)設(shè)施和解決方案層級(jí)關(guān)系走向復(fù)雜化?!拔易陨硎菍W(xué)計(jì)算機(jī)出身,所以對(duì)數(shù)據(jù)基礎(chǔ)設(shè)施底層很多細(xì)節(jié)比較了解;但希望未來(lái)數(shù)據(jù)基礎(chǔ)設(shè)施能像用水用電一樣簡(jiǎn)單?!备叻宀┦咳缡钦f(shuō)。
為此,浪潮存儲(chǔ)認(rèn)為,面對(duì)未來(lái)各種數(shù)據(jù)存儲(chǔ)挑戰(zhàn),需要構(gòu)建‘以用戶為中心、以應(yīng)用為導(dǎo)向’的場(chǎng)景共同體來(lái)應(yīng)對(duì)挑戰(zhàn)。事實(shí)上,近年來(lái)浪潮存儲(chǔ)在醫(yī)療領(lǐng)域?qū)嵺`豐富,像武漢大學(xué)中南醫(yī)院、中山大學(xué)精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究中心、中山大學(xué)附屬第六醫(yī)院等均為浪潮存儲(chǔ)的客戶,浪潮存儲(chǔ)也在積極攜手各方合作伙伴構(gòu)建面向醫(yī)療領(lǐng)域的場(chǎng)景共同體。
浪潮存儲(chǔ)產(chǎn)品線總經(jīng)理李輝
在李輝看來(lái),場(chǎng)景共同體是以“客戶場(chǎng)景”為導(dǎo)向,匯聚各種力量來(lái)解決智慧場(chǎng)景建設(shè)所帶來(lái)的挑戰(zhàn),具體到醫(yī)療場(chǎng)景,主要有三個(gè)幾方面工作需要突破:
首先,不同病種的AI算法、模型可能差異性極大,需要浪潮存儲(chǔ)與算法供應(yīng)商、ISV等緊密合作,在數(shù)據(jù)存儲(chǔ)層去匹配算法、數(shù)據(jù)集、數(shù)據(jù)IO模型等,有針對(duì)性的進(jìn)行優(yōu)化,從而更好地構(gòu)建起場(chǎng)景共同體;
其次,像精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)等課題研究上,一定會(huì)在數(shù)據(jù)存儲(chǔ)上存在著一部分特定的應(yīng)用場(chǎng)景,比如在影像數(shù)據(jù)上的一些特殊需求,這往往需要像浪潮存儲(chǔ)這樣的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)供應(yīng)商能夠深入了解用戶場(chǎng)景,快速響應(yīng)和匹配差異化需求,在通用產(chǎn)品基礎(chǔ)上進(jìn)行一定程度的定制化開(kāi)發(fā);
最后,醫(yī)療行業(yè)的場(chǎng)景共同體還處于探索的早期階段,還未系統(tǒng)化,未來(lái)亟需用戶代表、算法供應(yīng)商、ISV、數(shù)據(jù)存儲(chǔ)供應(yīng)商共同努力,探索場(chǎng)景共同體在臨床上的應(yīng)用情況。
“場(chǎng)景共同體的目標(biāo)是釋放出用戶的精力和資源,讓用戶不用管修路的事情,只管開(kāi)好業(yè)務(wù)這輛車?!崩钶x最后表示道。
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