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    華為云助力基因檢測科研,為生物產(chǎn)業(yè)發(fā)展加力續(xù)航

    每一個新生兒的誕生,都帶來無限希望,然而并不是每個新生命,都可以健康幸運地來到我們身邊;每一例重大疾病的確診,都是一個家庭不愿面對的痛,其實,很多疾病可以通過基因檢測,進行早期篩查,提前預(yù)防。

    生物產(chǎn)業(yè)快速發(fā)展基因檢測不可小覷

    中國每年有1400萬新生兒、300萬新發(fā)腫瘤患者,還有1500萬腫瘤患病人群。在2017年,國家發(fā)改委正式印發(fā)了《“十三五”生物產(chǎn)業(yè)發(fā)展規(guī)劃》,明確了基因檢測能力覆蓋50%以上出生人口的目標(biāo),利用基因測序、影像、大數(shù)據(jù)分析等手段,在產(chǎn)前胎兒罕見病篩查、腫瘤、遺傳性疾病等方面實現(xiàn)精準(zhǔn)的預(yù)防、診斷和治療,更多的疾病也將依賴基因作為主要信息作出診療判斷。

    發(fā)展基因產(chǎn)業(yè)目前已上升為國家戰(zhàn)略,預(yù)計2020年,中國有4億人口的醫(yī)療健康信息將包含基因信息?;蛐畔z測技術(shù)和被列入“新型健康技術(shù)惠民工程”。但是工具碎片化、開發(fā)語言多樣、系統(tǒng)維護和升級等技術(shù)難題一直在制約基因檢測技術(shù)的快速發(fā)展。容器技術(shù)因為標(biāo)準(zhǔn)化封裝保證環(huán)境一致性、秒級擴縮容、高資源利用率的特點也被基因檢測類企業(yè)公司青睞,逐漸作為支撐基因檢測的核心技術(shù)。

    上海其明信息技術(shù)有限公司(Genminix Informatics co., Ltd.,以下簡稱其明公司)在基因檢測、生物信息領(lǐng)域已發(fā)展十三年有余,所開發(fā)的基因檢測與基因云計算的綜合平臺GCBI(Gene Cloud of Biotechnology Information)被廣大醫(yī)療及科研院所接受。通過先進的云計算技術(shù)為醫(yī)療用戶提供更高效,更科學(xué)化的建議。華為云CCI服務(wù)(全稱:云容器實例Cloud Container Instance),以高安全、高性能、低成本、簡單易用的優(yōu)點作為GCBI的底層核心技術(shù)支撐,幫助GCBI平臺服務(wù)于基因檢測行業(yè)。

    華為云CCI支持GCBI平臺完成25萬+數(shù)據(jù)分析

    在華為云容器CCI支持下,其明公司基因檢測與基因云計算的綜合平臺GCBI已完成25萬例基因數(shù)據(jù)分析和挖掘、協(xié)助作出1萬多次基于基因信息的臨床決策,參與8萬余個疾病相關(guān)基因臨床信息挖掘研究項目。

    GCBI 在整個產(chǎn)業(yè)鏈中,一方面為醫(yī)療用戶提供重大疾病的風(fēng)險評估、預(yù)警、早期篩查、分子分型、個體化治療評估監(jiān)控,服務(wù)于精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)全過程的生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)參考咨詢、分析判斷、快速計算和精準(zhǔn)決策;另一方面為精準(zhǔn)治療藥物的創(chuàng)新開發(fā),推動分子檢測技術(shù)產(chǎn)品的持續(xù)創(chuàng)新,為顯著減少無效和過度醫(yī)療、避免有害醫(yī)療、遏制醫(yī)療費用支出快速增長提供大數(shù)據(jù)平臺支撐,使精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)成為經(jīng)濟社會發(fā)展新的增長點。

    在GCBI系統(tǒng)中,客戶首先將測序儀下機的檢測數(shù)據(jù)提交到GCBI平臺,經(jīng)分析、注釋、過濾、評級、解讀,最后會給客戶生成詳細的檢測報告,來幫助客戶用來指導(dǎo)用藥、輔助診斷及預(yù)后判斷。

    華為云助力基因檢測科研,為生物產(chǎn)業(yè)發(fā)展加力續(xù)航

    基因檢測行業(yè)的特殊性使計算資源平臺挑戰(zhàn)諸多

    1.業(yè)務(wù)波動。客戶一般會在樣品達到一定數(shù)量后進行批量處理,因此原始數(shù)據(jù)來源具有周期性,這就帶來了較大的業(yè)務(wù)波動。其明公司很難規(guī)劃自己的資源,也很難讓自己的資源滿負(fù)荷運轉(zhuǎn)。

    2.高并發(fā)。每個樣品需要8核至32核容器實例進行計算??蛻粼谔峤辉紨?shù)據(jù)后,其明公司需要高并發(fā)的計算量在兩小時內(nèi)反饋結(jié)果,保證其對客戶的SLA。

    3.復(fù)雜運維。其明公司在自己的公有云虛機資源內(nèi)納管了一個小型的K8S集群,并積累了大量的實戰(zhàn)經(jīng)驗。但即使如此,對硬件資源和K8S集群的運維依然是件頭疼的事,并消耗公司大量人力資源。

    華為云CCI多方位承載GCBI核心業(yè)務(wù) serverless降低基因測序成本

    華為云CCI服務(wù)在2018年3月推出公測,也是全球首個基于K8S的商用serverless容器服務(wù),在多方面滿足了其明公司的需要:

    安全及可靠性:其明公司處理的均是基因類敏感數(shù)據(jù),希望自己業(yè)務(wù)和數(shù)據(jù)的安全有足夠的保障。華為云CCI服務(wù)目前采用Kata安全容器技術(shù),將虛擬機成熟的隔離技術(shù)應(yīng)用到容器領(lǐng)域,確??蛻魳I(yè)務(wù)和數(shù)據(jù)的安全。

    降低運維復(fù)雜度:在使用華為云CCI服務(wù)之前,其明公司自己維護集群,需要考慮集群的升級、社區(qū)bug修復(fù)、集群資源利用率等問題。CCI將serverless理念引入到容器領(lǐng)域,客戶直接購買和管理容器實例,而無需管理物理資源和K8S集群,同時,CCI提供了可視化的pod CPU/MEM監(jiān)控功能,可以實時監(jiān)控處理過程,極大的簡化運維成本,讓上海其明公司信息技術(shù)有限公司可以專注自己的業(yè)務(wù)。

    按需按秒計費:為了保證對醫(yī)療及科研客戶的交付,其明公司需要按照最大業(yè)務(wù)量來維護虛機規(guī)模,但是這些資源在相當(dāng)一段時間內(nèi)處于閑置狀態(tài),造成極大的浪費。華為云CCI服務(wù)提供按需按秒計費,解決其明公司業(yè)務(wù)波動性帶來的成本難問題。經(jīng)過上海其明公司信息技術(shù)有限公司仔細測算,按需按秒計費比包年包月節(jié)省成本高達50%。

    秒級伸縮及高并發(fā):其明公司發(fā)現(xiàn)每次啟動虛機,集群和節(jié)點納管、業(yè)務(wù)上線時間就需要近20分鐘。即使是業(yè)務(wù)擴容,也需要耗費10多分鐘。華為云CCI支持秒級伸縮和高并發(fā),kata容器啟動速度實測600ms,集群規(guī)模高達上十萬容器實例,讓其明公司便無需為自己滿足客戶SLA感到擔(dān)心。

    其明公司開發(fā)總監(jiān)蔡家華表示:“通過將自己的業(yè)務(wù)部署在CCI上,實際計算成本降低30%-50%,并且實現(xiàn)了K8S和物理資源免運維。其明公司非常高興華為云CCI服務(wù)可以幫助自己實現(xiàn)一系列成本的降低,提升客戶SLA的服務(wù)標(biāo)準(zhǔn),讓自己可以更聚焦業(yè)務(wù)和客戶。”

    華為云CCI不僅僅幫助其明公司解決底層技術(shù)難題,全力聚焦業(yè)務(wù)創(chuàng)新,還助力其明公司與其他合作伙伴達成價值聯(lián)動,助力基因檢測科研的深入發(fā)展?;谌A為云原生應(yīng)用平臺,華為云CCI不斷挖掘技術(shù)在多種醫(yī)療場景下可實現(xiàn)的應(yīng)用創(chuàng)新,為生物產(chǎn)業(yè)的繁榮發(fā)展加力續(xù)航。

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    2019-01-23
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    每一個新生兒的誕生,都帶來無限希望,然而并不是每個新生命,都可以健康幸運地來到我們身邊;每一例重大疾病的確診,都是一個家庭不愿面對的痛,其實,很多疾病可以通過基

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