人工智能企業(yè)天壤公司日前宣布，其自研的深度學(xué)習(xí)蛋白質(zhì)折疊預(yù)測(cè)平臺(tái)TRFold在基于CASP14(2020年第14屆國(guó)際蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)競(jìng)賽)蛋白質(zhì)測(cè)試集的評(píng)估中排名全球第二，僅次于AlphaFold2。在400個(gè)氨基酸的蛋白鏈預(yù)測(cè)時(shí)，TRFold僅耗時(shí)16秒。據(jù)了解，這是目前國(guó)內(nèi)所有公開(kāi)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)模型中取得的最好成績(jī)，標(biāo)志著我國(guó)計(jì)算生物學(xué)領(lǐng)域的表現(xiàn)已經(jīng)處于世界第一梯隊(duì)。

“我們通過(guò)兩年半的時(shí)間掌握了蛋白質(zhì)折疊核心技術(shù)，并以此參與到國(guó)際最前沿的生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用中，希望能夠開(kāi)辟出一條AI生物學(xué)的應(yīng)用之路。”天壤公司創(chuàng)始人薛貴榮介紹，公司研發(fā)團(tuán)隊(duì)在兩年半前開(kāi)始進(jìn)入計(jì)算生物學(xué)領(lǐng)域，天壤非?？春萌斯ぶ悄茉谏镱I(lǐng)域的應(yīng)用，尤其是AlphaFold2解決了單體蛋白質(zhì)解構(gòu)預(yù)測(cè)的問(wèn)題，令天壤覺(jué)得人工智能會(huì)成為生物研發(fā)的基礎(chǔ)設(shè)施，將開(kāi)啟一個(gè)廣闊和巨大的市場(chǎng)，隨著技術(shù)突破將重構(gòu)許多原來(lái)的生物應(yīng)用層面的邏輯，比如制藥的流程、疾病的治療、個(gè)性化醫(yī)療等等。

據(jù)了解，天壤是提供通用人工智能的公司，主要應(yīng)用在城市和企業(yè)數(shù)字化領(lǐng)域。從圍棋到交通，再到如今的計(jì)算生物學(xué)領(lǐng)域，天壤的人工智能自研技術(shù)已具備很強(qiáng)的復(fù)雜系統(tǒng)的智能決策能力，旗下AI(人工智能)圍棋TRGo、AI交通TRTraffic等技術(shù)都夯實(shí)了天壤的深度強(qiáng)化學(xué)習(xí)平臺(tái)。

“與之前相比，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)是更復(fù)雜的領(lǐng)域，天壤本身的技術(shù)積累很適合解鎖此類場(chǎng)景，所以進(jìn)入這個(gè)領(lǐng)域是非常自然的選擇。” 薛貴榮認(rèn)為，不僅如此，這將為生命科學(xué)和醫(yī)藥領(lǐng)域帶來(lái)益處，極大增進(jìn)人類對(duì)細(xì)胞基本構(gòu)成的理解，讓藥物研發(fā)加速升級(jí)，并將帶來(lái)醫(yī)療保健、食品可持續(xù)性、新技術(shù)等方面的改善，進(jìn)一步促進(jìn)生物科學(xué)、藥物研發(fā)、合成生物學(xué)方面的發(fā)展。

“我們長(zhǎng)期以來(lái)面臨的都是此類復(fù)雜系統(tǒng)的決策問(wèn)題，在技術(shù)層面已經(jīng)有了深厚的積累。蛋白質(zhì)折疊預(yù)測(cè)雖然是生物學(xué)課題，但也屬于這個(gè)領(lǐng)域，并且體現(xiàn)了AI在基礎(chǔ)科學(xué)中的巨大潛能，這也是每個(gè)立志于基礎(chǔ)研發(fā)的AI從業(yè)者的價(jià)值取向，我們不愿意錯(cuò)過(guò)這道風(fēng)景。”薛貴榮說(shuō)。

據(jù)天壤XLab研發(fā)團(tuán)隊(duì)負(fù)責(zé)人苗洪江介紹，目前，天壤蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)模型算法還在迭代優(yōu)化。為了獲得更佳的性能，TRFold在內(nèi)存、訓(xùn)練數(shù)據(jù)、模型表達(dá)等方面做了許多創(chuàng)新和優(yōu)化。目前的單個(gè)蛋白質(zhì)折疊預(yù)測(cè)只是一個(gè)起點(diǎn)，接下來(lái)的工作重點(diǎn)將是利用目前的全蛋白質(zhì)組協(xié)同進(jìn)化分析，建立起蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)之間的相互作用的精準(zhǔn)鏈路。

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